ปลายปีพุทธศักราช 2541 โรงพยาบาลภูมิพลอดุลยเดชภายใต้การนำองค์กรของ พลอากาศตรี ธีระ ตั้งตรงจิตต์ ผู้อำนวยการโรงพยาบาลในขณะนั้นได้เล็งเห็นความสำคัญในการพัฒนาประสิทธิภาพการบริหารจัดการและคุณภาพการบริการของโรงพยาบาลภูมิพลอดุลยเดชให้ทัดเทียมและเป็นที่ยอมรับ ประกอบกับในช่วงเวลาเดียวกันนั้น โรงพยาบาลต่างๆ ในประเทศไทยได้มีความตื่นตัวในเรื่องของกระบวนการพัฒนาและรับรองคุณภาพโรงพยาบาล (Hospital Accreditation, HA) ซึ่งสถาบันพัฒนาและรับรองคุณภาพโรงพยาบาล (พรพ.) เป็นผู้ดำเนินการ ทำให้กรรมการบริหารของโรงพยาบาลภูมิพลอดุลยเดชเห็นควรให้นำการพัฒนาคุณภาพโรงพยาบาลตามแนวทางของ HA มาใช้เป็นเครื่องมือในการพัฒนาคุณภาพโรงพยาบาล ตั้งแต่ปลายปี 2541
ด้วยปณิธานอันแรงกล้าของผู้นำองค์กรคือ พลอากาศตรี ธีระ ตั้งตรงจิตต์ ได้นำมาสู่ความมุ่งมั่นของทีมพัฒนาคุณภาพชุดแรกโดยมีนาวาอากาศเอกยงยุทธ วงศ์เลิศวิทย์ (เสียชีวิต ยศสูงสุดพลอากาศตรี) เป็นหัวหน้าทีม ได้รวมแกนนำในการพัฒนาคุณภาพกลุ่มแรกขึ้น และเริ่มต้นด้วยการพัฒนาความรู้ของทีมโดยการดูงาน อ่านหนังสือ และเข้ารับการฝึกอบรมจากสถาบันพัฒนาและรับรองคุณภาพโรงพยาบาล ทีมงานได้ใช้เวลา 1 ปีเต็มสำหรับการวางความรู้พื้นฐานเรื่อง HA และนำความรู้ที่ได้นำมาปฏิบัติ การพัฒนาคุณภาพในช่วงแรกจึงเกิดขึ้นจากการนำความรู้เชิงทฤษฎีมาประยุกต์กับการทำงาน โดยมีการปรับปรุงด้านการบริการของแต่ละหน่วยงานให้เป็นระบบที่ดีขึ้นและเน้นเรื่องของความปลอดภัยของผู้ป่วยเป็นหลัก นับเป็นก้าวแรกของการเริ่มต้นการพัฒนาคุณภาพของ โรงพยาบาลภูมิพลอดุลยเดช
การพัฒนาคุณภาพโรงพยาบาล ได้ดำเนินการต่อเนื่องโดยการสนับสนุนจากผู้อำนวยการโรงพยาบาลท่านต่อมาคือ พลอากาศตรี บุญเลิศ จุลเกียรติ ซึ่งเข้ารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงพยาบาลในปี 2542 อย่างไรก็ตามท่านเป็นผู้นำสูงสุดของโรงพยาบาลได้เพียงปีเดียว แต่ก็ได้ทำให้มีการดำเนินงานพัฒนาคุณภาพโรงพยาบาลให้ก้าวหน้าไปได้อีกก้าวหนึ่ง
ก้าวย่างสำคัญของการพัฒนาคุณภาพโรงพยาบาลเกิดขึ้นในปี 2543 เมื่อพลอากาศตรี พีระพันธ์ ประทีปรัตน์ (ยศปัจจุบันพลอากาศโท) ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้อำนวยการโรงพยาบาล ท่านได้สานต่อเจตนารมณ์ในการพัฒนาคุณภาพโรงพยาบาลด้วยความมุ่งมั่นอย่างแน่วแน่ ร่วมกับประสบการณ์ของการพัฒนาคุณภาพที่ได้สร้างสมมาเกือบ 2 ปีทำให้ทีมงานมีความเข้าใจและพร้อมที่จะผลักดันการพัฒนาคุณภาพให้เกิดขึ้นทั่วทั้งองค์กร
ได้มีการปรับปรุงโครงสร้างองค์กรของโรงพยาบาลภูมิพลอดุลยเดช จากรูปแบบเดิมที่เป็นโครงสร้างการบริหารงานตามที่ราชการกำหนด ให้มีโครงสร้างองค์กรเพิ่มเติมเพื่อให้เหมาะสมกับการที่จะผลักดันโรงพยาบาลให้มีการพัฒนาคุณภาพอย่างต่อเนื่อง ..