ปี พ.ศ. ๒๕๐๖ ได้มีการขยายการบริการด้านการรักษาพยาบาลเพิ่มขึ้น แผนกอายุรกรรมได้รับการปรับปรุงขึ้นเป็นกองอายุรกรรม โดยมี นาวาอากาศเอก น้อย ปาณิกบุตร เป็นหัวหน้ากองคนแรก และในปีนั้นเองการรักษาผู้ป่วยเด็กได้แยกออกจากกองอายุรกรรม ตั้งเป็นแผนกกุมารเวชกรรม


          ปี พ.ศ. ๒๕๑๗ เมื่อมีการเปิดใช้อาคารสลากกินแบ่งรัฐบาล ๘ ชั้น กองอายุรกรรมได้รับมอบพื้นที่ของอาคารหลังใหม่นี้มาเพิ่มเติม จึงได้เปิดหออภิบาลผู้ป่วยหนักขึ้นโดยแยกเป็น หออภิบาลอายุรกรรม (ICU) และหออภิบาลโรคหัวใจ (CCU) ขณะเดียวกันได้จัดหาพัสดุและอุปกรณ์ด้านการแพทย์ที่ทันสมัยมากขึ้น เช่น เครื่องตรวจคลื่นไฟฟ้าหัวใจ, เครื่องช่วยหายใจ, เครื่องตรวจคลื่นสมอง และกล้องตรวจระบบทางเดินอาหาร เป็นต้น มีการส่งแพทย์เข้าอบรมเพิ่มเติมในสาขาอายุรศาสตร์และโรคเฉพาะทางบางสาขา เช่น โรคหัวใจ ทั้งในประเทศและต่างประเทศ


          ปี พ.ศ.๒๕๒๐ นาวาอากาศเอก ประพัตรา ตัณฑ์ไพโรจน์ ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการกองอายุรกรรม ได้มีการปรับปรุงจัดหาอุปกรณ์การแพทย์เพิ่มเติม เช่น Echocardiogram, Hemodialysis Machine, Holter EKG เป็นต้น มีแพทย์กลับมาจากการอบรมทั้งในและนอกประเทศเพิ่มขึ้นทำให้การปฏิบัติงานคล่องตัวขึ้น เริ่มมีการเปิดคลินิกเฉพาะโรคและได้เริ่มมีการวางแผนในการอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาอายุรศาสตร์ในช่วงนั้น

          ปี พ.ศ. ๒๕๒๘ กองอายุรกรรมได้ย้ายขึ้นมาอยู่ภายในอาคารคุ้มเกล้าฯ โดยมีส่วนอาคารผู้ป่วยในอยู่ชั้น ๘ ทั้งหมดส่วนของหออภิบาลอายุรกรรม (ICU) และหออภิบาลโรคหัวใจ (CCU) อยู่บริเวณชั้น ๓ ของอาคารคุ้มเกล้าฯ


          การขาดแคลนบุคลากรก็ยังคงเป็นปัญหาใหญ่ของกองอายุรกรรม โดยเฉพาะแพทย์และพยาบาลมีจำนวนไม่พอเพียงกับผู้ป่วยซึ่งมีจำนวนเพิ่มขึ้นอย่างมากมายหลังการเปิดอาคารคุ้มเกล้า เนื่องจากการบริการของโรงพยาบาลได้ปรับเข้าสู่โรงพยาบาลชนิดตติยภูมิ ทำให้การปฏิบัติงานของแพทย์กองอายุรกรรม ได้มีการปรับปรุงให้เป็นลักษณะของการแยกเป็นสาขาเฉพาะโรคมากขึ้น หลังจากแพทย์สำเร็จการอบรมแพทย์เฉพาะทางสาขาต่างๆ จากต่างประเทศ เริ่มกลับเข้ามาปฏิบัติงาน กองอายุรกรรมจึงได้รับความไว้วางใจจากแพทยสภาให้ทำการเปิดการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาอายุรศาสตร์ ในปี พ.ศ.๒๕๒๘ การฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านทำให้การบริการผู้ป่วยสมบูรณ์ขึ้นและช่วยให้วิชาการในการรักษาผู้ป่วยของกองอายุรกรรมได้พัฒนาไปอย่างรวดเร็ว


          ปี พ.ศ. ๒๕๓๑ ได้ฝึกอบรมนิสิตแพทย์แนวใหม่ร่วมกับจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

          ปี พ.ศ. ๒๕๔๑ เพื่อให้ได้มีการฝึกอบรมต่อเนื่องไปในระดับสูง ทางกองอายุรกรรมจึงได้เปิดการอบรมแพทย์ต่อยอดหลายสาขา เช่น สาขาโรคหัวใจ, สาขาโรคไต, สาขาโรคทางเดินอาหาร เป็นต้น

          นอกจากการพัฒนาทางด้านวิชาการและสถานที่แล้วยังมีการจัดหาอุปกรณ์การแพทย์ที่ทันสมัยมากขึ้น ทำให้แพทย์ที่จบมาแต่ละสาขาสามารถทำการตรวจวินิจฉัยและค้นคว้าวิจัยได้อย่างกว้างขวาง ครอบคลุมหลายโรค ไม่แตกต่างจากโรงเรียนแพทย์ มีการพัฒนาการรักษาพยาบาลอย่างต่อเนื่อง และเตรียมบุคลากรเพื่อขยายสาขาของการให้บริการครอบคลุมทุกโรค ทำให้ผู้ป่วยไม่จำเป็นต้องเดินทางไปรับการรักษาพยาบาลเพิ่มเติมที่โรงพยาบาลที่เป็นโรงเรียนแพทย์

          จากวิสัยทัศน์อันกว้างไกลของผู้บังคับบัญชาของกองอายุรกรรมในอดีต ทำให้กองอายุรกรรมในปัจจุบัน เป็นกองหลักที่มีภารกิจครอบคลุมการให้บริการด้านการรักษาพยาบาล ทั้งข้าราชการ ทอ. ครอบครัวตลอดจนประชาชนทั่วไปอย่างทั่วถึง และมีประสิทธิภาพเท่าเทียมกับโรงพยาบาลที่ทันสมัยของประเทศ มีการผลิตบุคลากรด้านการแพทย์ที่มีความรู้ความสามารถได้มาตรฐาน ให้ความรู้ด้านการแพทย์แก่บุคลากรและประชาชนทั่วไป มีการพัฒนาขีดความสามารถในการให้บริการด้านการรักษาพยาบาลอย่างมีประสิทธิภาพและอย่างต่อเนื่อง สนับสนุนให้ภารกิจของกรมแพทย์ทหารอากาศ และกองทัพอากาศเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพตามภารกิจที่ได้รับมอบหมาย..